決済手数料の勘定科目は「支払手数料」｜カード決済の仕訳例と消費税の扱い（非課税・課税の違い）

お店でカード決済やQRコード決済を受け付けると、売上から決済手数料が差し引かれて入金されます。開業して初めての帳簿づけでは、「この手数料は何の勘定科目にするのか」「消費税はかかるのか」「売上は差し引かれた後の金額で計上するのか」と迷う方が多いところです。

この記事では、決済手数料の勘定科目と仕訳の例、消費税の扱いを、国税庁の質疑応答事例や会計の解説記事をもとにまとめました。

決済手数料の勘定科目は「支払手数料」

カード決済や電子マネー、QRコード決済の手数料は、一般に「支払手数料」の勘定科目で処理します。会計の解説記事では、金額が小さい場合は「雑費」で処理することもできるとしつつ、キャッシュレス決済が増えた今は、支払手数料にまとめて金額を把握できるようにしておくことがすすめられています。

支払手数料には、銀行の振込手数料なども含まれます。決済手数料だけの金額を知りたい場合は、会計ソフトで補助科目（例：「カード決済手数料」）を作って分けておくと、決済サービスの見直しのときに比べやすくなります。

カード決済の仕訳の例

ここでは、10,000円の売上をカードで受け取り、決済手数料3.24%（324円）が差し引かれて9,676円が入金された場合の仕訳の例を紹介します。売上は手数料を差し引く前の金額で計上し、手数料は費用として分けて記録します。

決済したとき

借方	金額	貸方	金額
売掛金	10,000円	売上高	10,000円

決済サービスから入金されたとき

借方	金額	貸方	金額
普通預金	9,676円	売掛金	10,000円
支払手数料	324円

入金額だけを売上として記録すると、売上が手数料の分だけ少なく計上されてしまいます。決済サービスの管理画面で、売上の合計・手数料・入金額をそれぞれ確認して記録しましょう。入金が月をまたぐ場合は、決済した月に売掛金として計上し、入金した月に消し込みます。

決済手数料の消費税の扱い

カード会社に支払う加盟店手数料は非課税

国税庁の質疑応答事例「クレジット手数料」では、加盟店が信販会社に支払う手数料について、信販会社が加盟店から譲り受ける債権の額と、加盟店に支払う金額の差額は、消費税法施行令第10条第3項第8号に当たり非課税と回答しています。つまり、カード会社と直接契約している場合の加盟店手数料は、消費税がかからない取引として扱います。

非課税の取引なので、消費税の計算では仕入税額控除の対象にはなりません。会計ソフトでは、税区分を「非課税仕入」などにして記録します。

決済サービスごとの扱い（各社の公式案内）

決済代行会社を通す場合や、電子マネー・QRコード決済の手数料は、契約の仕組みによって扱いが変わります。主な決済サービスは、公式のヘルプで手数料の消費税の扱いを次のように案内しています。

サービス	非課税	課税・不課税
Airペイ	クレジットカード、UnionPay（銀聯）、iD、QUICPayの決済手数料	課税：交通系電子マネー、楽天Edy、PayPay・d払い・au PAY・楽天ペイなどのQRコード決済、Alipay+、WeChat Payなどの決済手数料
Square	―	不課税：決済方法にかかわらず、決済手数料はすべて不課税（即時入金の手数料も不課税）

このように、同じクレジットカード決済でも、契約している決済サービスによって「非課税」と「不課税」に分かれ、QRコード決済や交通系電子マネーは「課税」になるサービスもあります。会計ソフトでは、サービスごと・決済方法ごとに税区分を分けて記録しましょう。表にないサービスを使っている場合は、そのサービスのヘルプや手数料の明細で確認し、わからなければ顧問の税理士や税務署に確認してください。

なお、振込手数料やサービスの月額利用料は、決済手数料とは別の取引として扱います。月額利用料のあるプランを使っている場合は、決済手数料と分けて記録しておきましょう。

月末にやっておきたい売掛金の確認

カード決済の売上は、決済してから入金されるまで数日から数週間かかります。月末の時点でまだ入金されていない売上は、売掛金として残っているはずです。毎月の締めのときに、次の手順で確認しておくと、入金漏れや記帳漏れに早く気づけます。

1. 決済サービスの管理画面で、その月の決済額の合計と、入金済み・未入金の金額を確認する
2. 帳簿の売掛金の残高と、管理画面の未入金の金額が合っているか照らし合わせる
3. 合わない場合は、返品・取り消しや、別の決済サービスの入金と混ざっていないかを確認する
4. 翌月の入金日に、入金額と手数料の内訳を記録して売掛金を消し込む

会計ソフトによっては、決済サービスや銀行口座と連携して入金明細を自動で取り込めるものもあります。取り込んだ明細も、手数料の金額と税区分が正しく振り分けられているかは、最初の数か月は自分で確かめておきましょう。

帳簿づけで間違えやすいポイント

• 入金額だけを売上にしてしまい、売上と手数料が実際より少なくなる
• 決済した日と入金日の違いを考えず、売上を入金した月に計上してしまう
• カード決済の手数料と振込手数料・月額利用料を同じ税区分で記録してしまう
• 決済サービスを複数使っていて、どの入金がどのサービスのものか分からなくなる

決済サービスを1つにまとめるか、サービスごとに入金口座や補助科目を分けておくと、帳簿づけと見直しが楽になります。

手数料を抑えるために見直したいこと

決済手数料は売上に比例してかかる費用なので、売上が増えるほど金額も大きくなります。帳簿で年間の支払手数料を確認し、次の点を見直してみましょう。

• 月額を払うと手数料が下がるプランのほうが安くならないか（例：STORES 決済のスタンダードプラン）
• 業種向けの特別料率の対象にならないか（治療院など）
• 入金を早めるオプションの手数料が、売上に対して大きくなっていないか

業種別の決済サービスの比較は、「飲食店のカード決済導入」「美容室・サロン・治療院のカード決済導入」「キッチンカー・移動販売のカード決済」「小売店・サービス業のカード決済導入」でまとめています。

よくある質問

決済手数料の勘定科目は何ですか？

一般に「支払手数料」で処理します。金額が小さければ雑費で処理することもできますが、キャッシュレス決済の利用が多いお店は、支払手数料にまとめて金額を把握しておくのがおすすめです。

カード決済の手数料に消費税はかかりますか？

国税庁の質疑応答事例では、加盟店が信販会社に支払う手数料（債権の額と支払額の差額）は非課税とされています。決済サービスによって扱いが違い、たとえばAirペイはクレジットカードの手数料を非課税、QRコード決済や交通系電子マネーの手数料を課税、Squareは決済手数料をすべて不課税と案内しています。

売上は入金額で計上してもいいですか？

手数料を差し引く前の金額で売上を計上し、手数料は支払手数料として分けて記録するのが基本です。入金額だけを売上にすると、売上が少なく計上されてしまいます。

インボイスは必要ですか？

カード会社に支払う加盟店手数料は非課税の取引なので、仕入税額控除の対象にはなりません。課税になる手数料や月額利用料がある場合は、サービス側が発行する請求書や明細の記載を確認しましょう。

まとめ

決済手数料は「支払手数料」で記録し、売上は手数料を差し引く前の金額で計上します。カード会社に支払う加盟店手数料は国税庁の質疑応答事例で非課税とされていますが、決済サービスや決済方法によって課税・非課税・不課税が分かれるため、利用しているサービスの公式案内を確認して税区分を分けて記録しましょう。

エアライフでは、開業・出店の準備や集客をサポートしています。決済サービスの選び方もお気軽にご相談ください。

※この記事は2026年11月時点の公開情報をもとにまとめています。税務の取り扱いは個別の契約内容によって変わる場合があります。実際の処理は顧問の税理士や税務署に確認してください。

参考：国税庁 質疑応答事例「クレジット手数料」／Airペイ よくあるご質問「決済手数料・振込手数料」／Square ヘルプセンター「Squareの手数料について」／国税庁 タックスアンサー No.6201「非課税となる取引」・No.6451「仕入税額控除の対象となるもの」／FREENANCE MAG「クレジットカードや電子マネーの決済手数料は「支払手数料」勘定科目で経費処理！」／R&AC「支払手数料の勘定科目と税区分」